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Los hongos son un grupo de microorganismos clasificados en un reino separado de plantas y animales. Ellos son abundantemente encontrados en una serie de ambientes y viven una existencia independiente, dependiente (parásitos) o mutuamente beneficiosa. Los hongos son vitales para mantener el buen funcionamiento del ecosistema por la descomposición de materia muerta y la liberación de nutrientes vitales en el suelo y en la atmósfera.
Hongos saprófitos
Los hongos saprófitos (o descomponedores) son el mayor grupo de hongos presentes en el suelo. Ellos convierten materia muerta o en descomposición en ácidos orgánicos, dióxido de carbono y biomasa fúngica (o sus propios cuerpos). Descomponen la materia orgánica dura, tales como la madera, a través del consumo de sus nutrientes y de su inmovilización en el suelo. Los hongos saprófitos son capaces de romper la celulosa, la lignina (la cual quebrada libera el carbono esencial que es utilizado por muchos organismos) y proteínas. Normalmente se encuentran alrededor de animales muertos, insectos, hojas y árboles caídos. Ejemplos de hongos saprofitos incluyen Pleurotus ostreatus (setas), Lentinula edodes (shiitake) y Stropharia rugosoannulata (Stropharia rey).
Hongos mutuos
Los mutualistas son un grupo de hongos que forman relaciones mutuamente beneficiosas (las relaciones que ambas especies afectadas se benefician) con las plantas. Típicamente, crecen sobre las raíces de las plantas y las ayudan a obtener nutrientes (como el fósforo) desde el suelo. Los hongos micorríticos son un grupo de mutualistas que crece dentro de las raíces de las plantas. Hay cuatro grupos principales de hongos micorríticos, incluyendo orquídeos, ericoides, ectomicorrizas y arbusculares. Casi el 90% de todas las plantas forman asociaciones mutuamente beneficiosas con hongos micorrízicos. Ejemplos de hongos mutuales incluyen los de las familias Zygomycota y Basidiomycota.
Hongos patógenos
Los hongos patógenos invaden su planta hospedadora y descomponen la materia viva. Ellos retiran los nutrientes vitales de sus huéspedes, causando el debilitamiento de la planta y, eventualmente, su muerte. Los hongos patógenos penetran en una planta a través de su piel exterior (epidermis) o crecen dentro de su estómago (agujeros de respiración). Ellos infectan una planta y causan su muerte, o la dejan vivir mientras que roban los nutrientes vitales de la planta viva.Las enfermedades de las plantas causadas por los hongos presentes en el suelo incluyen la putrefacción, la mancha negra, la úlcera, el óxido, la enfermedad de la Rhizoctinia, la pudrición de la raíz y la verruga de la patata. Los hongos patógenos se encuentran comúnmente en el suelo al principio de la cosecha. Ejemplos de hongos patógenos incluyen Pythium, Rhizoctonia, Phytophthora y Verticillium.