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Los colores primarios del pelaje de caballos (marrón, baio, marrón y negro) son controlados por la interacción del gen de extensión y el gen agouti. El gen de extensión controla la producción de los pigmentos negro y rojo, mientras que el gen agouti controla su distribución. Estos dos pigmentos se pueden diluir en otros cinco genes que producen los colores crema, champagne, cobre, perlado y plateado.
Pelado oscuro
Muchas razas poseen un pelaje muy oscuro, llegando a ser negro. La capa negra es distinguida por el hecho de que el caballo no tiene otros colores: la crin, las piernas y el cuerpo son completamente negros. Si usted puede ver la señal de otros colores o marcas, el caballo no es una capa negra auténtica. El marrón oscuro es el tipo más oscuro de las razas castañas, ella posee muchos por los negros con manchas profundas de rojo en la crin y la cola. Los caballos baios parecen ser negros, pero cuando se observan más de cerca, es evidente que poseen uno por el marrón con algunas partes más claras. La coloración azul de los ruidos es un caballo negro con el gen del ruido, dando al caballo una coloración negra con algunos por los blancos en el medio del pelaje.
Pelajes marrones y arena
La mayoría de los caballos se encajan en la categoría de los pelajes marrones y la arena. La raza castaña incluye los tonos de rojo, amarillo y rubio. El marrón rojizo posee un pelaje rojo, naranja y marrón que se destaca en la capa brillante del animal. El marrón claro se caracteriza por un pelaje rojo y marrón con colores claros en las puntas de la crin y de la cola. El marrón rubio tiene un color marrón distinto con los amarillos y el color de arena en la crin y la cola. Los caballos baios poseen un color marrón bien característico y poseen puntas negras en la cola, la crin y las patas. Los caballos baios castaños tienen un color amarillo fuerte con tonos de marrón oscuro en las patas, cola y crin. Los caballos palomino poseen un tono dorado con un tono crema en la crin y la cola. Los caballos grollo o grulla son grisáceos, pudiendo tener tonos claros y oscuros del mismo color, además de poseer por los negros de marrones en la cola y en la crin.
Pelajes claros y blancos
Algunas razas más raras encajan en la categoría de pelaje blanco y de colores bien claros. Los caballos completamente blancos o predominantemente blancos son los tipos más raros. La cría sólo será completamente blanca si el padre y la madre son blancos. Los puramente blancos son distinguibles por su piel rosada, por los completamente blancos y ojos color de avellana. Los caballos típicamente pardos se caracterizan por el pelaje de color claro a amarillento, pasando por el gris, con patas, crin y cola un poco más oscuros. Además, son distinguibles por algunas manchas oscuras a lo largo de la espina dorsal. El caballo gamuza posee un color bronce claro, algunos por los amarillentos y patas, crin y cola negras. Ellos son muy similares al pardo, pero no poseen las manchas en la espina dorsal. Los caballos caramelo y perlino son caballos castaños y baios con dos genes del color crema que les dan la característica del color claro. Ellos tienen piel rosada, ojos azules y la crin y la cola de ellos tienen por los blancos. Los caballos color de champán son difíciles de distinguir de los blancos puros, pues ellos también tienen piel rosada y por los blancos; sin embargo, no tienen los ojos azules típicos al nacer, que se convierten en color de avellana o verde a medida que crecen.
Caliços
Los dos tipos de pelaje malhado son el appaloosa o el pintado. Los caballos appaloosa no tienen ningún color en específico, pero tienen pequeños puntitos en todo el pelaje. Los appaloosa leopardo, por ejemplo, poseen puntos grandes y oscuros en un pelaje claro, gris o blanco. El zumbido nebuloso tiene puntos claros o blancos en todo el pelaje, que es oscura, generalmente marrón. Los tres tipos de patrones en los caballos pintados recuerdan el patrón de una vaca malhada. Los caballos tobiano poseen las cuatro patas blancas y grandes manchas negras redondeadas. Los caballos overo poseen manchas menores que las del tobiano y ellas son puntas en vez de redondeadas.Además, los overo no tienen un color específico, algunos son blancos con manchas marrones y otros son negros con manchas claras. Los tovero no son específicos y son una combinación de tobiano y overo.